手賀沼の水質は北千葉導水が始まった平成12年(2000年)から徐々に回復し現在はCOD値10mg/L以内で推移している。しかし水質浄化がされた手賀沼の漁獲は大幅な減少に転じている。特に平成15年の落ち込みが大きい。これは手賀沼でコイヘルペスが大流行し、千葉県から出荷制限がかかったため、漁業従事葉が大幅に減る事態となった。

東日本大震災後の手賀沼の主要な魚類は、福島原発の影響による、放射能セシウム134と137の影響を表にまとめてみた。出荷できる基準値はセシウムの合計値が100以下が基準値。コイ、ギンブナについては2016年になって、ようやく基準値を下回るようになってきた。モツゴ、スジエビは2012年以降基準値を超えた値は出ていない。ウナギについては2016年基準値を上回る。